阅读次数：1007 发布时间：2018/3/28 11:16:59
动机：氧化应激和蛋白质损伤与200多种人类疾病相关，包括癌症、卒中、神经退行性疾病和衰老。蛋白质羧基化是一种化学上多样的氧化翻译后修饰（post-translational modification (PTM），被公认为氧化应激和蛋白质损伤的生物标志物。尽管它们是重要的，并且被大量研究，但是不存在有关羧基化蛋白质/位点的数据库/资源。由于这些信息对于生物学/医学研究非常有用，所以我们人工精选了一个实验确证的羧基化蛋白质/位点数据资源（CarbonylDB）。结果：CarbonylDB当前包括了来自21个物种的1495个羧基化蛋白质和3781个位点，其中人类、大鼠和酵母是前3个物种。我们对这些羧基化蛋白质/位点进行了进一步分析，并提出了它们的发生和占据模式。特别是血清白蛋白的羧基化位点数据提供了理解氧化蛋白修饰/损伤动力学的一种精细模型系统。
A curated data-resource of protein carbonylation sites
Motivation:Oxidative stress and protein damage have been associated with over 200 human ailments including cancer, stroke, neuro-degenerative diseases, and aging (Fedorova et al., 2014. Mass Spectrom. Rev., 33, 79-97). Protein carbonylation, a chemically diverse oxidative post-translational modification (PTM), is widely considered as the biomarker for oxidative stress and protein damage. Despite their importance and extensive studies, no database/resource on carbonylated proteins/sites exists. As such information is very useful to research in biology/medicine, we have manually curated a data-resource (CarbonylDB) of experimentally-confirmed carbonylated proteins/sites. Results: The CarbonylDB currently contains 1495 carbonylated proteins and 3781 sites from 21 species, with human, rat, and yeast as the top three species. We have made further analyses of these carbonylated proteins/sites and presented their occurrence and occupancy patterns. Carbonylation site data on serum albumin, in particular, provides a fine model system to understand the dynamics of oxidative protein modifications/damage.
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